Hoitokalastus on hankkeen kunnostustoimista rahallisesti mittavin osa kattaen noin 40 % koko hankkeen kustannusarviosta. Kolmen hankevuoden aikana kalastukseen on varattu käytettäväksi yhteensä 240 000 €. Vuotuinen kalastustavoite on 50 000 kg. Hoitokalastuksella pyritään vaikuttamaan järven kalalajiston rakenteeseen: kasvattamaan petokalojen osuutta ja vähentämään pohjaa möyhiviä särkikaloja. Kalojen mukana poistuu myös ravinteita, tärkeimpänä fosforia ja typpeä. Särkikalat sisältävät fosforia noin 4-8 g kiloa kohti ja typpeä (0,4-0,8 %) ja typpeä noin 2,5-kertaisen määrän: 1-2 g/kg (1-2%).

Pohjaa tonkiessaan särkikalat samentavat vettä ja veteen sekoittuvan pohja-aineksen mukana veteen vapautuu uudelleen jo kertaalleen pohjaan varastoituneita ravinteita ja valon kulku vesipatsaassa pohjaan asti heikentyy. Särkikalat ja ahvenen poikasvaihe syövät eläinplanktonia. Eläinplankton puolestaan käyttää ravintonaan kasviplanktonia, joihin sinileväkin lasketaan kuuluvaksi (vaikka onkin itse asiassa syanobakteeri). Tällöin kasviplanktonin väheneminen runsastuttaa kasviplanktonin määrää, mikä saattaa näkyä suurempina sinileväesiintyminä. Mikäli särkikaloja on runsaasti, tulee kilpailua ja puutetta riittävästä ravinnosta, ja ahven saattaa jäädä kitukasvuiseksi, ja viipyä kasviplanktonia syövässä vaiheessa normaalia pitempään. Tällöin ahvenen siirtyminen petokalavaiheeseen hidastuu tai estyy kokonaan ja muodostuu noidankehä, jossa kasviplanktonia kulutetaan enemmän ja kasviplanktonia syöviä kaloja ravintonaan käyttäviä petokaloja (petokalavaiheeseen päässeiden ahventen osalta) on entistä vähemmän. Hoitokalastuksen yksi tavoite onkin muuttaa kalakantojen välisiä suhteita järven ravinnetaloudelle terveempään suuntaan. Pyrkimys on lisätä petokalojen osuutta niin, että kalaston rakenne alkaisi paremmin hoitaa itse itseään. Käytännössä tämä vaatii hyvin voimallista särkikalojen poistokalastusta, jotta tämä tavoite toteutuisi ja terveempi rakenne säilyisi pitempiaikaisesti. Siksi on hoitokalastuksia olisi tärkeää jatkaa hankkeen päätyttyäkin, vaikka edes pienemmässä mittakaavassa. Tässä tärkeässä roolissa on osakaskuntien harjoittama hoitokalastus. Myöskin vapaa-ajan asukas tai harrastuskalastaja voi halutessaan auttaa järveä kalastamalla pois särkikaloja, vaikka ne eivät pannulle päätyisikään. Pienet määrät kalaa saa kompostoida ja näin ollen muuttaa pihan tai puutarhansa arvokkaaksi lannoitteeksi. Saaristossa ja rannikolla silakkaa on aikanaan perinteisesti laitettu suoraan perunapenkkiin lannoitteeksi. Kompostoimatta maahan laittoa ei nykyisellään voi suosittaa haja-asutusalueellakaan nykyisen vahvan pienpetokannan vuoksi – kalat voivat päätyä minkin tai supikoiran suuhun ja lisätä näiden kantaa epätoivotusti. Ehkäpä verkkokalastuksen harjoittamista voisi nostaa uuteen vireeseen vesiensuojelumielessä. Simpelejärven hankkeeltahan saa edelleen pysyvästi omaksi 8-metrin putkikatiskoita hankkeenaikaista saaliskalakirjanpitoa vastaan.